設施菜地復種指數高，每茬單產都較高，因此從菜地帶走的養分種類多、數量大。設施內光照弱、通風差，病蟲害不斷加重。設施菜地因施肥與蔬菜吸收不匹配，使部分養分虧缺，部分養分富余殘留在土壤中，造成鹽積化或酸化。

土壤微生物種群生態平衡被打破，有益微生物抗性差，數量和生物量逐步減少;有害微生物生存繁衍能力強，數量和生物量增加。種種原因，都造成設施菜地土壤質量隨種植年限增加呈劣化態勢，而且修復難度不斷加大。因此，采取科學合理的技術措施，修復設施菜地耕性，持續提高土壤質量和地力，是設施蔬菜產業發展的一項長期工作。